В 70-х годах XX века, когда метод Илизарова был признан медицинской общественностью, Гавриил Абрамович Илизаров предложил издавать журнал, посвященный компрессионно-дистракционному остеосинтезу, для более успешного внедрения и распространения этого метода. Было принято решение публиковать сборники научных работ Курганского НИИ экспериментальной и клинической ортопедии и травматологии. Всего было издано 15 сборников трудов сотрудников института, которые пользовались большим спросом у ортопедов-травматологов и с невероятной быстротой распространялись в СССР, они и послужили прообразом научного журнала. Главным редактором сборников был академик Г.А. Илизаров. Последний выпуск был издан в 1992 году.

Иностранные коллеги, называвшие метод Илизарова «революцией в травматологии и ортопедии», отмечали полное отсутствие информации о методе на иностранных языках. В июле 1992 года, когда академик Г.А. Илизаров находился в последней в своей жизни командировке в Германии на конгрессе в г. Ульме, доктор Ahmad Zafar-Rech из Пакистана предложил свой проект обучения методу лечения по Илизарову. Гавриил Абрамович посоветовал ему издавать международный журнал с целью внедрения и распространения метода. К сожалению, вскоре после этой встречи академика Г.А. Илизарова не стало.

В октябре 1992 года Российский научный центр «Восстановительная травматология и ортопедия» им. Г.А. Илизарова, возглавляемый доктором медицинских наук В.И. Шевцовым, официально согласился сотрудничать с Пакистаном. По словам организаторов проекта, были приложены невероятные усилия для того, чтобы ввести в действие проект создания специализированного журнала. Благодаря их смелым действиям, появилась новая организация, названная M.I.Q.R.A. – Всемирная Ассоциация по изучению основ метода Илизарова. Эта организация стала платформой для дискуссий и сотрудничества Центра Илизарова с хирургами, которые стремились изучить метод Илизарова, а также с теми, кто уже работал по этому методу. Уникальная клиническая и образовательная программа реконструкции анатомических составляющих опорно-двигательной системы и научно обоснованная система реабилитации, основанная на методе Илизарова, была утверждена в Пакистане и начала применяться с ноября 1992 года.

В этот период появился международный журнал "ORTHOPAEDIC GENIUS". Его первый номер был доставлен в Курган 15 июня 1993 года – в день, когда исполнилось бы 72 года академику Г.А. Илизарову. В этот день была проведена Международная научно-практическая конференция «Метод Илизарова: достижения и перспективы», посвященная памяти основателя метода чрескостного остеосинтеза, с участием ученых-медиков из многих городов России, стран ближнего и дальнего зарубежья. Именно тогда и был представлен первый номер российско-пакистанского журнала.

Журнал планировали издавать на английском, русском и арабском языках 3-4 раза в год и распространять в России, Пакистане, Германии, Австралии и Соединенных Штатах. Иностранные коллеги, для которых академик Илизаров был и остается ученым, совершившим переворот в ортопедии, твердо настаивали на предложении назвать журнал «ORTHOPAEDIC GENIUS». Было подготовлено три выпуска журнала, однако в связи с политическими событиями в Пакистане журнал издаваться перестал.

В 1995 году по инициативе генерального директора Центра Илизарова В.И. Шевцова в Кургане был учрежден научно-теоретический и практический журнал «Гений ортопедии», посвященный памяти выдающегося ученого, врача-новатора, академика Российской Академии наук, почетного члена многих зарубежных академий, профессора Г.А. Илизарова. Первым главным редактором журнала стал член-корр. РАМН, профессор, доктор медицинских наук Владимир Иванович Шевцов, который руководил редакционной коллегией более 16 лет.

В 2011 году главным редактором журнала был избран директор РНЦ «ВТО» им. акад. Г.А. Илизарова доктор медицинских наук Александр Вадимович Губин.

С 2013 года была расширена тематика принимаемых к публикации работ, включая статьи не только по применению метода чрескостного остеосинтеза, но и других современных технологий  ортопедии, травматологии и смежных областей медицины. В 2014 году в редакционную коллегию журнала вошли ведущие иностранные специалисты в области ортопедии. С 2017 года база данных Scopus начала индексировать журнал «Гений ортопедии».

С 2020 года главным редактором журнала является директор НМИЦ ТО имени академика Г.А. Илизарова доктор медицинских наук Александр Владимирович Бурцев.

В настоящий момент журнал индексируется в Директории открытого доступа DOAJ (Directory of Open Access Journals), модель доступа – Diamond (полностью бесплатно и для авторов, и для читателей). Для публикаций журнала действует лицензия Creative Commons Attribution – Share Alike (CC BY-SA), позволяющая другим лицам перерабатывать, изменять и развивать произведения даже в коммерческих целях при условии указания авторства.

В 2023 году решением Высшей аттестационной комиссии Минобрнауки России журнал отнесен к категории К-1.